nació en Palma de Mallorca, donde estudió piano. Más tarde continuó sus estudios en Barcelona, Francia y Alemania. Es músico profesional desde los trece años. Su vida musical cambió cuando descubrió la música de Cecil Taylor y Iannis Xenakis, con quien estudió en 1978. Su carrera como solista explotó en la II Bienal de Jóvenes Artistas Creadores de Tesalónica (Grecia) en 1987. Ha actuado en los más importantes festivales españoles y europeos. Ha compuesto música para danza, teatro, cine y televisión.
Ha sido director y cofundador de la Orquestra del Caos y director del Big Ensemble del Taller de Músics (Barcelona). Igualmente ha sido miembro fundador del colectivo IBA (Improvisadors de Barcelona) junto con Joan Saura y Liba Villavecchia, y director del mismo hasta el 2001.
Ha colaborado regularmente con Carles Santos participando en varios espectáculos desde 1982 hasta 1998. Ha participado en varias performances con el artista Jordi Benito. Ha compuesto música para el diseñador catalán Toni Miró. Ha sido director musical del programa Glasnost de TVE (1989-91).
En 1998 comienza una estrecha relación artística con el coreógrafo y bailarín Andrés Corchero con quien ha creado varios espectáculos a lo largo de estos años. En 1998 también crea el Trío Local junto con Joan Saura y Liba Villavecchia.
En el año 2000 pasa a formar parte del proyecto Folding Spaces del director y compositor norteamericano Lawrence D. Butch Morris.
En 2001 crea el dúo Mandorla con la flautista norteamericana Jane Rigler, y en 2002 crea, junto con Pep Llopis, el Ensemble Impromptu, formación valenciana dedicada la improvisación.
En 2003 crea la formación de jazz Agustí Fernández Quartet, y compone e interpreta en directo la música del espectáculo de danza "Sobre la Bellesa" de Tomás Aragay.
Este mismo año se convierte en el primer músico del estado español que haya grabado para la prestigiosa discográfica alemana ECM, con su participación en el cd "Memory/Vision" del Evan Parker Electro-Acoustic Ensemble, del que es miembro desde el año 2002. También es miembro desde el año 2002 de la Barry Guy New Orchestra.
Durante los años 2004 y 2005 colabora con el cantaor Miguel Poveda y compone canciones a partir de poesías de diferentes autores. En 2005 también pone en marcha el trío Fernández/Guy/López que se estrena en Festival Grec de Barcelona, y forma parte del grupo Slow (David Mengual-contrabajo, David Xirgu y Dani Domínguez - baterías) que igualmente se presenta en Barcelona. Este año es particularmente prolífico discográficamente, con la publicación de 6 cd’s.
Desde 1997 a 1999 fue co-director (junto a Barbara Held) de la Setmana Internacional de Música Experimental de Metrònom, en Barcelona. Desde el 2000 al 2006 dirigió el festival de música contemporánea Nous Sons que organiza l’Auditori de Barcelona. Desde el año 2000 es comisario del ciclo Nits de Música de la Fundació Joan Miró de Barcelona.
Es profesor titular de improvisación en la Escola Superior de Música de Catalunya (ESMUC) desde 2001.
En el año 2000 recibió el premio Altaveu otorgado por el Festival Altaveu de Sant Boi de Llobregat.
El espectáculo "A modo de esperanza", creado con Andrés Corchero, en memoria del poeta José Ángel Valente recibió un premio FAD en el año 2002.
En 2005 el cd "Lonely woman" del Agustí Fernández Quartet fue seleccionado como mejor disco del año por los críticos de la revista "Cuadernos de Jazz".
